Periodo Heian

Aunque la red de templos budistas en todo el país actuó como un catalizador para la exploración de la arquitectura y la cultura, esto también llevó a que el clero ganara más poder e influencia. El Emperador Kanmu decidió escapar de esta influencia moviendo su capital primero a Nagaoka-kyō y luego a Heian-kyō, conocido hoy como Kyōto. Aunque el diseño de la ciudad era similar al de Nara e inspirado por los precedentes chinos, los palacios, templos y viviendas comenzaron a mostrar ejemplos del gusto japonés local.

Los materiales pesados ​​como la piedra, el mortero y la arcilla fueron abandonados como elementos de construcción, con paredes de madera simples, pisos y particiones cada vez más frecuentes. Especies nativas como el cedro (sugi) eran populares como un acabado interior debido a su grano prominente, mientras que el pino (matsu) y el alerce (también conocido como matsu) eran comunes para usos estructurales. Las tejas de ladrillo y un tipo de ciprés llamado hinoki se usaron para techos. Fue en algún momento durante este período que se adoptó el techo oculto, una solución única japonesa para los problemas de drenaje del techo.

El tamaño cada vez mayor de los edificios en la capital condujo a una arquitectura que depende de columnas espaciadas regularmente de acuerdo con el ken, una medida tradicional de tamaño y proporción. El Palacio Imperial Shishinden demostró un estilo que fue un precursor del edificio de estilo aristocrático conocido como shinden-zukuri. El estilo se caracterizaba por edificios simétricos colocados como brazos que definían un jardín interior. Este jardín luego utilizó un paisaje prestado para mezclarse aparentemente con el paisaje más amplio.

Períodos de Kamakura y Muromachi

El período de Kamakura comenzó con la transferencia de poder en Japón de la corte imperial al shogunato de Kamakura. Durante la Guerra de Genpei (1180-1185), muchos edificios tradicionales en Nara y Kyoto fueron dañados. Por ejemplo, Kōfuku-ji y Tōdai-ji fueron quemados por Taira no Shigehira del clan Taira en 1180. Muchos de estos templos y santuarios fueron posteriormente reconstruidos por el shogunato de Kamakura para consolidar la autoridad del shōgun.

Aunque menos elaborada que durante el período Heian, la arquitectura en el período Kamakura fue informada por una simplicidad debido a su asociación con la orden militar. Las nuevas residencias usaban un estilo buke-zukuri que estaba asociado con edificios rodeados de estrechos fosos o empalizadas. La defensa se convirtió en una prioridad, con edificios agrupados bajo un solo techo en vez de alrededor de un jardín. Los jardines de las casas del período Heian a menudo se convirtieron en campos de entrenamiento.

Periodo Azuchi-Momoyama

Durante el período Azuchi-Momoyama (1568-1600) Japón experimentó un proceso de unificación después de un largo período de guerra civil. Estaba marcado por la regla de Oda Nobunaga y Toyotomi Hideyoshi, hombres que construyeron castillos como símbolos de su poder; Nobunaga en Azuchi, la sede de su gobierno, y Hideyoshi en Momoyama. La guerra de duringnin durante el período de Muromachi había llevado al aumento de la arquitectura del castillo en Japón. En el momento del período Azuchi-Momoyama cada dominio tenía permitido tener un castillo propio. Típicamente consistía en una torre central o tenshu (heaven lit, defensa del cielo encendida) rodeada de jardines y edificios fortificados. Todo esto estaba ubicado dentro de enormes muros de piedra y rodeado de profundos fosos. Los interiores oscuros de los castillos a menudo fueron decorados por artistas, los espacios se separaron utilizando paneles deslizantes fusuma y pantallas plegables byōbu.

El estilo shoin que tuvo sus orígenes con el chashitsu del período Muromachi continuó siendo refinado. Las verandas unían los interiores de los edificios residenciales con jardines exteriores muy cultivados. Fusuma y byōbu quedaron muy decorados con pinturas y, a menudo, se utilizó una sala interior con estantes y alcoba (tokonoma) para exhibir obras de arte (por lo general, un rollo colgante). 

Período Edo

El shogunato Tokugawa tomó la ciudad de Edo (más tarde para formar parte del moderno Tōkyō) como su capital. Construyeron una imponente fortaleza alrededor de la cual se construyeron edificios de la administración estatal y residencias para los daimyōs provinciales. La ciudad creció alrededor de estos edificios conectados por una red de carreteras y canales. Para el año 1700 la población se había hinchado a un millón de habitantes. La escasez de espacio para la arquitectura residencial dio lugar a la construcción de casas en dos plantas, a menudo construidas sobre zócalos de piedra elevada.

Aunque las machiya (casas adosadas) existían desde el período Heian, comenzaron a refinarse durante el período Edo. Machiya típicamente ocupaba parcelas profundas y angostas colindantes con la calle (el ancho de la parcela generalmente indicaba la riqueza del propietario), a menudo con un taller o una tienda en la planta baja. Se usaron tejas en lugar de paja en el techo y las vigas expuestas a menudo se revocaron en un esfuerzo por proteger el edificio contra el fuego. Se construyeron edificios ostentosos que demostraban la riqueza y el poder de los señores feudales, como el Kamiyashiki de Matsudaira Tadamasa o el Ōzone Shimoyashiki. 

Edo sufrió mucho por los devastadores incendios y el Gran Incendio de Meireki de 1657 fue un punto de inflexión en el diseño urbano. Inicialmente, como un método para reducir la propagación del fuego, el gobierno construyó terraplenes de piedra en al menos dos lugares a lo largo de los ríos de la ciudad. Con el tiempo, estos fueron derribados y reemplazados por almacenes de dōzō que se utilizaron como cortafuegos y para almacenar los productos descargados de los canales. Las líneas limpias de la arquitectura civil en Edo influyeron en el estilo sukiya de la arquitectura residencial. Katsura Detached Palace y Shugaku-in Imperial Villa en las afueras de Kyōto son buenos ejemplos de este estilo. Su arquitectura tiene líneas simples y decoración y usa madera en su estado natural.